Behandeling amoebenabces of -dysenterie dient altijd gevolgd door contactamoebicide middel: clioquinol (magistrale bereiding: 3dd 250 mg (FNA 100 mg/ml)) of paromomycine (tijdens zwangerschap). Paromomycine is in Nederland niet geregistreerd maar is een zogeheten "ZFW-middel”. Binnen de ZFW-middelen is paromomycine voor deze indicatie niet geregistreerd en wordt daarom niet vergoed.

Tinidazol is in Nederland uit de handel genomen, maar vanwege de aangetoonde werkzaamheid bij de behandeling van Entamoeba histolytica, is het een alternatieve optie (1dd 2000mg p.o. gedurende 3 dagen). Het is onduidelijk of het middel in de toekomst opnieuw zal worden geïntroduceerd. Desalniettemin is het wel de behandeling van keuze in de situatie waarin het middel voor individuele behandelaren beschikbaar kan worden gemaakt.

Entamoeba dispar behoeft geen behandeling (apathogeen).