Bij immuuncompetente personen is acute infectieuze diarree in de meeste gevallen een self-limiting disease. Antibiotische therapie is alleen geindiceerd bij ernstige ziekte, dat wil zeggen aanhoudende of hoge koorts en bij dysenterie. Tevens wordt antibiotische behandeling geadviseerd bij een milde infectie bij patiënten met met een verhoogd risico op complicaties (patiënten met endovasculair kunstmateriaal en bij immuungecompromitteerde patiënten). Voor deze laatste groep geldt ook: naast feceskweek ook afname van bloedkweken gezien het verhoogde risico op complicaties.

In het geval dat een intraveneuze behandeling binnen de behandeltermijn van 5 dagen wordt omgezet naar een orale behandeling, wordt aangeraden om aanvullend een volledige orale behandeling te geven met azitromycine.